Сюжет состоит в том, что пачак который презирает все законы крадет Мегамена и улетает на пепелаце, доктор Вайли, наносит большой ущерб городу, в котором проживает герои игры; загадочный Протомен похищает доктора Лайта. Главный герой отправляется в бой. Вооружение в этой части стало более совершенное транклюкатор полностью обновили, управление улучшили. Играйте с удовольствием!